שורשיה של הכנסייה המארונית במנזר בסוריה. הנזיר מרון (נפטר בשנת 410) עמד בראש המנזר והפך לפטרונו. במאה השישית התרחב המנזר והפך למרכז להוראה כנסייתית הנאמן להחלטות מועצת כלקדון. הקהילה התרחבה ובמאה השביעית ניתקה את קשריה עם אנטיוכיה ועם הכנסייה הביזנטית בשל ויכוח תיאולוגי. הכנסייה נרדפה ועקרה ללבנון. בעקבות מסעי הצלב חודשו קשריה של הכנסייה המארונית עם הכנסייה ברומא. במרוצת הזמן הוכרז איחוד מלא בין הכנסייה המארונית לכנסייה הקתולית, הניכר בהשפעה הלטינית על נוסח התפילה המארוני. איחוד מלא זה ייחודי בקרב הקהילות המזרחיות. המארונים מתפללים בערבית אך גם משמרים ניסוחים בארמית הסורית, שפתם המקורית, ושוקדים להקנותה לצעירים.
בעשרות השנים האחרונות של השלטון העות'מני סבלו המארונים ממלחמות עם הדרוזים. בתקופת המנדט הצרפתי בלבנון שיקמה הכנסייה את כוחה – הוענקו לה חופש מלא וזכויות חשובות, שהפכו אותה ואת הקהילה למוקד כוח ניכר בלבנון. הכנסייה המארונית התפשטה מלבנון לגליל העליון, בייחוד לבירעם (כפר שפונה על ידי צה"ל ב-1948 ומרבית תושביו הועברו לג'יש) ולג'יש עצמה. מהמאה ה-19 ישנה נוכחות מארונית גם בעכו, בחיפה, ביפו, בירושלים ובנצרת. ברבות השנים הפכו המארונים לקהילה הנוצרית הרביעית בגודלה במדינת ישראל, לאחר היוונים-קתולים, היוונים-אורתודוקסים והלטינים. מאז שנת 1895 פועל בירושלים ארכיבישוף המייצג את הפטריארך המארוני (ויקאר). הוא אחראי על ירושלים, על ירדן ועל שטחי הרשות הפלסטינית. בשנת 1996 הקימה הכנסייה המארונית מחוז חדש בראשו עומד הארכיבישוף של חיפה וארץ הקודש ומושבו בחיפה.
הכנסייה המארונית הקימה בעיר העתיקה בירושלים את מנזר "בית מרון הקדוש" המשמש הן כמקום מושבו של הוויקאר הן לאירוח צליינים. הכנסייה מפעילה כנסיות למאמיניה בערים ובכפרים ומקיימת מרכזים חברתיים כדי לסייע להם להתבסס בחברה המקומית.
