הביטוי "כנסייה יוונית – אורתודוקסית" מתייחס למספר מצומצם של כנסיות אורתודוקסיו-מזרחיות, החולקות מסורת תרבותית קדומה ומקיימות את הליטורגיה ביוונית באופן מסורתי. על הכנסייה היוונית-אורתודוקסית נמנות הפטריארכיות הקדומות של קונסטנטינופול, של אלכסנדריה, של אנטיוכיה ושל ירושלים וכן הכנסיות של יוון ושל קפריסין.
הכנסייה היוונית-אורתודוקסית של ירושלים זכתה למעמד "אם הכנסיות" כבר במאה הרביעית, בהיותה הממשיכה הישירה של כס יעקב הקדוש (אחי ישוע בברית החדשה), הבישוף הראשון של ירושלים. במאה החמישית הועלה בישוף ירושלים למעמד של פטריארך.
הפטריארך היווני-אורתודוקסי בארץ הקודש חולש על מדינת ישראל, על שטחי הרשות הפלסטינית, על ירדן ועל חצי האי ערב. הקהילה היוונית-אורתודוקסית היא הגדולה מבין הקהילות הנוצריות בארץ, וכן רבים מחברי הכנסיות האחרות רואים בכנסייה זו את שורשיהם. הסמכות העליונה של הכנסייה היוונית-אורתודוקסית מכונה "הסינוד" (=אספה, מועצה, מיוונית) וחברים בה שבעה עשר בישופים בכירים, הבוחרים את הפטריארך. עקב חשיבותה ההיסטורית והסמלית של ירושלים זוכה הפטריארך שלה להערכה מיוחדת מצד עמיתיו – הפטריארכים האורתודוקסים שבאנטיוכיה, אלכסנדריה וקונסטנטינטפול.
הכנסייה היוונית-אורתודוקסית מופקדת על המקומות הקדושים ומקיימת נוכחות רצופה בת 1,700 שנים בשתי הכנסיות החשובות ביותר בארץ הקודש: כנסיית הקבר הקדוש (כנסיית התחייה בשמה היווני) בירושלים וכנסיית המולד בבית לחם. הפטריארכיה שוכנת במנזר היווני הגדול המחובר אל כנסיית הקבר הקדוש. הפטריארך היווני-אורתודוקסי של ירושלים עומד בראש "אחוות הנזירים של הקבר הקדוש", מוסד הקובע את מדיניות הפטריארכיה וכולל נזירים, כוהנים ובישופים המשרתים בפטריארכיה. הפטריארך מנהל את הקהילות, המנזרים והמוסדות היווניים-אורתודוקסיים בישראל, ברשות הפלסטינית ובירדן, בסיוע בישופים רבים.
הכנסייה מקיימת את תפילותיה על פי הנוסח הביזנטי ביוונית, ומשמרת את לוח השנה היוליאני, המאחר בשלושה עשר יום אחר הלוח המערבי-גרגוריאני. אף שמרבית הנוצרים הנמנים עם הכנסייה היוונית אורתודוקסית בארץ הקודש הם ערבים, מנהלים אותה בישופים ממוצא יווני. גם נזירים רבים הם יוונים ואילו רוב כוהני הדת הקהילתיים הם ערבים. יש מאמינים המדגישים את היותם ערבים-אורתודוקסים ולא יוונים-אורתודוקסים. באמצע המאה ה-20 החלה הכנסייה היוונית-אורתודוקסית לערוך בקהילות מקומיות רבות את התפילה בערבית לטובת מאמינים שאינם מבינים יוונית. הפטריארכיה מנהלת רשת של בתי ספר במקומות שונים ובית הספר שתחת חסותה בחיפה נחשב לאחד מבתי הספר המובילים במגזר הערבי. הכנסייה מפעילה גם מרכזים לשירותים חברתיים וסמינר להכשרת כוהני דת על הר ציון.
מסיבות היסטוריות ופוליטיות פועלות משלחות של פטריארכיות נוספות בארץ הקודש באופן נפרד. הכנסייה הרוסית-אורתודוקסית והכנסייה הרומנית-אורתודוקסית מקיימות נוכחות בולטת בארץ הקודש. את מנזר המצלבה בירושלים בנתה הכנסייה האורתודוקסית הגיאורגית, אך מאחר שנוכחותה של כנסייה זו נחלשה במהלך השנים נרכש המנזר בידי הפטריארכיה היוונית-אורתודוקסית. עם זאת, כל הכנסיות האורתודוקסיות מכירות בסמכות הפטריארך היווני-אורתודוקסי וכל פעילותן בארץ הקודש מתואמת עמו.
