הקדמה
הכנסייה הרומית-קתולית במזרח התיכון מכונה הכנסייה הלטינית על שם השפה שבה נערכו בעבר תפילותיה. למעשה, הכנסייה הלטינית היא רק ביטוי טקסי אחד מתוך כמה נוסחי תפילה אחרים (לא לטיניים) של הכנסייה הקתולית. האפיפיור ברומא הוא הסמכות העליונה של כנסייה זו בכל העניינים הרוחניים והמנהליים.
כבר במאה הרביעית ידוע על נוכחות לטינית בארץ הקודש – האב הירונימוס הקים אז מנזר בבית לחם. מסוף המאה ה-11 ואילך החלו להגיע לארץ הקודש הצליינים הראשונים מאירופה המערבית והדרומית. במאה ה-12 השליטו הצלבנים את הנצרות הלטינית על ארץ הקודש במשך כמעט מאתיים שנה. אף שלבסוף גורשו על ידי המוסלמים, הנוכחות הלטינית בארץ הקודש מעולם לא נעלמה לחלוטין. כיום מייצגים אותה שלושה גורמים: הפטריארכיה הלטינית, הפרנציסקנים והמשלחת האפיפיורית.
המסדר הפרנציסקני (שומרי ארץ הקודש)
פרנציסקוס הקדוש מאסיזי הגיע לארץ הקודש בזמן מסעי הצלב. הנזירים הפרנציסקנים החיים לפי רוחניותו מקיימים נוכחות רצופה בארץ הקודש משנת 1333. צו אפיפיורי משנת 1342 הקנה להם את הסמכות לשמור על ארץ הקודש מטעם הכנסייה הקתולית, ולפיכך מכונה המסדר המקומי קוסטודיה די טרה סנטה – משמרת ארץ הקודש. עד המאה ה-19 שימש המסדר הפרנציסקני נציגות קתולית יחידה בארץ הקודש. הקמת הפטריארכיה הלטינית ב-1847 יצרה מתחים בינה לבין המסדר הפרנציסקני, שייצג עד אז את הכנסייה הלטינית. הפטריארך הלטיני אחראי אמנם על קהילתו הלטינית, אולם ראש המסדר הפרנציסקני, הקוסטוס (שומר) של ארץ הקודש, מחזיק בידיו את הזכויות במקומות הקדושים.
מעבר לתפקידם של חברי המסדר בשמירה על המקומות הקדושים, בניהול הטקסים הנערכים בהם ובשמירה על נגישותם לצליינים פועלים חברי המסדר למען האוכלוסייה הנוצרית המקומית. הם הקימו רשת בתי ספר (המכונה טרה סנטה), דואגים לארגון פעילות חינוכית בלתי פורמלית ומושיטים סיוע כספי ורפואי.
המשלחת האפיפיורית (נציגות הוותיקן)
הוותיקן הקים את הנציגות האפיפיורית בירושלים במחצית הראשונה של המאה ה-20, ובראשה עומד בישוף. בשנת 1993 כוננו יחסים דיפלומטיים בין מדינת ישראל למדינת הוותיקן. הבישוף העומד בראש הנציגות מכונה הנונציו (תואר מקביל לשגריר) במגעיו עם ישראל והנציג האפיפיורי במגעיו עם הרשות הפלסטינית.
המשרד במנזר פטרוס הקדוש ביפו משמש את שגרירות הוותיקן בישראל; מטה הנציגות האפיפיורית נמצא על הר הזיתים בירושלים.
הפטריארכיה הלטינית
הצלבנים הקימו את הכנסייה הלטינית ההייררכית בירושלים. עם הגיעם אליה ב-1099 הם גירשו את הפטריארך היווני-אורתודוקסי ומינו תחתיו את הפטריארך הלטיני הראשון של ירושלים, ארנולף הראשון. בשנת 1187, עם הגיע הצבאות המוסלמיים, גורש הפטריארך הלטיני מירושלים והפטריארך היווני-אורתודוקסי שב אליה. בעקבות מסעי הצלב הגיעו לארץ הקודש נציגי המסדר הפרנציסקני כדי להגן על המקומות הקדושים. גידולה המתמיד של הקהילה הלטינית, כמו גם העניין המערבי בארץ הקודש, שהלך וגבר במאה ה-19, הובילו לפרסומו ב-1847 של צו רשמי בחותם האפיפיור פיוס התשיעי, שהורה על חידוש הפטריארכיה הלטינית של ירושלים. הכנסייה הלטינית הקימה במהלך השנים קהילות בערים ובכפרים רבים ופעלה במיוחד לעיצוב כהונה דתית ערבית-מקומית לשירות הקהילות. מרכזה המנהלי של הכנסייה הרומית-קתולית שוכן אמנם ברומא, אך ירושלים היא מרכז רוחני בעל חשיבות ראשונה במעלה, כפי שמעידים המוני הצליינים, הנזירות והנזירים ותלמידי הדת הנוהרים אל העיר.
הנציג הרומי-קתולי העליון בארץ הוא הפטריארך היושב בירושלים ומנהל את ענייני הכנסייה. הוא משמש ארכיבישוף אך נושא את התואר המזרחי פטריארך. כיום מכהן פטריארך ערבי הנעזר בארבעה סגנים בישופים, הממונים על ארבעה מרכזים: ישראל (מושב הבישוף בנצרת), השטחים הפלסטיניים (מושב הבישוף בירושלים), ירדן (מושב הבישוף בעמאן) וקפריסין (את הפטריארך מייצג כוהן דת פרנציסקני). מאז 2003 פועל בישראל גם סגן הפטריארך הלטיני הממונה על הקהילות הקתוליות הדוברות עברית. בכנסייה הלטינית משרתים כוהני דת מלאומים שונים, רבים מהם ערבים (בעיקר ירדנים ופלסטינים).
ארץ הקודש היא גם ביתם של מסדרים דתיים רומיים-קתוליים רבים המפעילים מנזרים, בתי הארחה לצליינים, בתי התבודדות, מוסדות סעד, בתי חולים, בתי ספר ומוסדות מחקר והשכלה גבוהה. מוסדות חינוכיים קתוליים (שמספרם בארץ הקודש קרוב ל-80) נמנים בין בתי הספר הטובים ביותר במגזר הערבי, ובהם מוסדות של האחיות סנט ג'וזף, אחיות המחרוזת והאחיות הסלזיאניות. בבית לחם פועלת אוניברסיטה קתולית המנוהלת על ידי אחי בית הספר הנוצרי ("פרייר").
השפה הנפוצה ביותר בטקסי הכנסייה הקתולית בארץ הקודש היא ערבית. השימוש המלא בלשון זו ה החל בשנת 1975, לאחר שמועצת הוותיקן השנייה החליטה על שימוש בשפות המקומיות במקום בלטינית. הכנסייה מספקת שירותים רב-לשוניים לצליינים הבאים לארץ הקודש ולתושבים זרים. ארבע קהילות קטנות של קתולים דוברי עברית פועלות בירושלים, ביפו, בחיפה ובבאר שבע.