צילום: רון פלד
על פי המסורת הביא השליח מרקוס את בשורת הנצרות למצרים במאה הראשונה. אנטוניוס הקדוש, אבי הנזורה, יסד על פי המסורת מרכז נזירי במדבריות מצרים. הנצרות הקופטית הושפעה בראשיתה מהתנועה הנזירית ולפיכך מאפיינים אותה חיי פשטות, ענווה והכנעה. הכנסייה הקופטית הושפעה גם מחוויית הרדיפה הממושכת של הרומאים בשלוש מאות השנים הראשונות לקיומה. לוח השנה הקופטי מתחיל בשנת 284 לספה"נ. בשנה זו הוכתר דיוקלטיאנוס לקיסר רומא, והוא היה אחראי לרדיפה ולהרג של נוצרים רבים בימי שלטונו.
הנוצרים הקופטים, המכונים כך על שם שפתם העתיקה, הם הקבוצה הנוצרית הגדולה ביותר במזרח התיכון ומרביתם חיים עד היום במצרים. הקופטים כיום מדברים ערבית אך משמרים בתפילותיהם את זכר הקופטית, לשונם המקורית. בעבר שימשה אלכסנדריה מרכז תיאולוגי חשוב עבור הקופטים, ומעמדה כאחד המרכזים הבולטים של המזרח הנוצרי תקף עד היום. האפיפיור שנודה השלישי, ראש הכנסייה הנוכחי, הוא אחד המנהיגים הנוצרים הכריזמטיים ביותר במזרח התיכון הערבי.
נזירים קופטים הגיעו לירושלים כבר במאה הרביעית. כמה מהם התיישבו במנזר הסמוך לכנסיית הקבר, הידוע כיום כדיר אל-סולטאן, ושימשו נציגי השלטונות המצריים בעיר. הכנסייה מחזיקה בקפלת תפילה קטנה מאחורי קברו של ישוע בכנסיית הקבר. הנוכחות הקופטית התפשטה גם לבית לחם, לנצרת, ליריחו, ליפו ועוד.
הכנסייה הקופטית בארץ הקודש, שבראשה עומד ארכיבישוף, כפופה למרותה של הפטריארכיה הקופטית במצרים. הכנסייה הקופטית הקימה בירושלים בתי ספר, מועדון נוער ומוסדות נוספים המסייעים למאמיניה החיים בקרב החברה המקומית.