הכנסייה הסיריאנית מייצגת מסורת נוצרית עתיקת יומין. היא פרשה מהכנסייה האורתודוקסית בעקבות החלטת מועצת חלקדון, ואורגנה במאה השישית בהנהגתו הנמרצת של הבישוף יעקב בראדוס. באלף הראשון לספירה הנוצרית היו הסיריאנים הנוצרים ידועים בקשריהם עם השליטים המוסלמים. הם שימשו מתורגמנים, רופאים, מהנדסים ועוד והצליחו לבסס את נוכחותם בארץ הקודש בהקימם כנסיות ומנזרים סביב המקומות הקדושים. כוהני הדת והנזירים עדיין דוברים ניב של הלשון הסורית (ארמית) ומשמרים את מורשתה, אך שאר הנוצרים הסיריאנים משתמשים בחיי היומיום שלהם בשפה הערבית ומשולבים באופן מלא באוכלוסייה הערבית. חלק מהסיריאנים-אורתודוקסים, כאחיהם הארמנים, היגרו לארץ הקודש בעקבות רדיפתם בטורקיה ובעיראק בעת מלחמת העולם הראשונה ולאחריה.
הכנסייה בארץ הקודש נתונה למרות הפטריארכיה הסיריאנית של אנטיוכיה שמרכזה בדמשק. מייצגה בירושלים הוא ארכיבישוף היושב במנזר על שם מרקוס הקדוש הסמוך לרובע הארמני שבעיר העתיקה. על פי המסורת הסיריאנית כנסיית מרים שבמנזר היא ביתו של השליח יוחנן המכונה מרק והיא גם אתר הסעודה אחרונה והכנסייה הראשונה. אנשי הכנסייה הסיריאנית מקיימים את תפילות ימי הראשון בחדר תפילה קטן ורעוע בכנסיית הקבר.
הנוצרים הסיריאנים-אורתודוקסים גרים בעיקר בירושלים ובסביבת בית לחם, סמוך לכנסיות ולמרכזים המשרתים אותם. הקהילה הסיריאנית מפעילה מועדון חברתי פעיל ומעניקה שירותי רווחה לנזקקיה.
