ראשיתה של הכנסייה האשורית של המזרח, הידועה לעתים ככנסייה הנסטוריאנית, מיוחסת להטפותיו של השליח תומס. במועצת אפסוס שהתקיימה בשנת 431 פרשה כנסייה זו מן הזרם המרכזי האורתודוקסי-הביזנטי. בראשה עמד באותם ימים הבישוף נסטוריוס ומרכזה נקבע בעיראק של ימינו. עד המאה ה-16 פרסה הכנסייה האשורית את חסותה על כנסיות המזרח הרחוק – בהודו, בסין ובמרכז אסיה. במאה ה-20 התפצלה הפטריארכיה האשורית לשני ענפים – האחד מרכזו בשיקגו שבארצות הברית והשני בבגדאד שבעיראק. בעבר קיימה כנסייה זו קהילה קטנה בירושלים, אך האחרונים שבחבריה היגרו לסקנדינביה וכיום אין לה נציגות רשמית בארץ הקודש.
