פסיפס הציפורים התגלה במקרה ב1894 כשעסקו בבניית בית צפונית לשער שכם בשכונת מוסררה. כתובת בארמנית "לזכרם ולגאולתם של כל הארמנים, אשר שמותיהם ידועים לאל בלבד" מעידה שמדובר בקפלת הנצחה ארמנית כפי הנראה מאמצע המאה ה6. הבניין נרכש על ידי הפטריארכיה הארמנית וקפלה קטנה נבנתה מעל הפסיפס שנשמר במצב שלם. הפסיפס מכונה פסיפס הציפורים כיוון שהוא כולל אמפורה (אגרטל בעל ידיות ששימש ליין או אפר) ממנה יוצאים שריגי גפן היוצרים 39 מדליונים ברובם מתוארת ציפור. זוגות הציפורים מוצגות בסימטריה במדליונים מימין ומשמאל, ובשדרה המרכזית מופיעות צדפה מעל אמפורה, כלי עם גפנים ופירות, עיט המסב פניו לאחור וציפור בכלוב המסמלת את נפש האדם הכלואה בגוף.
פסיפס זה הוא אחד מתוך ארבעה פסיפסים ארמניים מהתקופה הביזנטית שנתגלו באזור ירושלים ומתוך כך ניתן להסיק כי הייתה פעילות רחבה של הקהילה הארמנית בירושלים בתקופה זו.
במשך שנים רבות הפסיפס נשמר בקפלה ארמנית, סגורה למבקרים, במקום חשיפתו, בין מבנה קופת חולים לירקניה. אך כעת הפסיפס מוצב בחצר המוזיאון הארמני, בלב מנזר סנט ג'יימס ברובע הארמני. מבנה המוזיאון נבנה במקור במאה ה19 כמגורים לתלמידי הסמינר הארמני. לאחר בניית הסמינר החדש, עברו התלמידים לבניין החדש מול הכניסה למנזר סנט ג'יימס, ובשנת 1979 נפתח המוזיאון המציג את אוצרות הפטריארכיה הארמנית וכן מציג, תמונות וממצאים המספרים את סיפורו של העם הארמני ורצח העם הארמני.
